Auf den Seychellen existiert eine reiche endemische Flora und Fauna, allein drei Arten von Riesenschildkröten. Vor allem auf dem Aldabra-Atoll findet man die weltgrößte Kolonie von Riesenlandschildkröten, mit 150.000 Aldabra-Riesenschildkröten. Auch der letzte überlebende flugunfähige Vogel des Indischen Ozeans, die Cuvierralle, ist hier beheimatet. Das Vallée de Mai („Maital“) auf Praslin – von der UNESCO zum Weltnaturerbe erklärt und von der „Seychelles Island Foundation“ (SIF) verwaltet, die 1979 eigens zu diesem Zweck gegründet wurde – ist die Heimat des Seychellenpapageis (Coracopsis barklyi) und der berühmten Seychellennuss, der „Coco de Mer“. Auf der Hauptinsel Mahé sowie auf Silhouette ist die dort endemische Familie der Seychellenfrösche anzutreffen. Daneben kann man auch auf den geschützten Inseln Aride, Cousin und Curieuse seltene Tiere und Pflanzen beobachten. Bemerkenswert sind auch die in den Granitfelsen der Inseln, vor allem an den Küsten, auftretenden Verkarstungserscheinungen Silikatkarst, karrenähnliche, meist vertikal verlaufende Rinnen, die durch Gesteinslösung unter tropischen Bedingungen entstanden.
Die einheimische Vogelwelt der Seychellen gehört zu den artenreichsten im gesamten westlichen Indischen Ozean. Durch die isolierte Lage des Archipels haben sich hier 15 Arten und 18 Unterarten entwickelt, die es nur auf den Seychellen gibt. Durch diese Besonderheit zählen sowohl die Granitinseln als auch das Aldabra-Atoll zu den 218 Endemic Bird Areas (EBA), die man weltweit identifiziert hat.
Die Besiedlung drängte die ursprüngliche Vegetation zurück. An ihre Stelle traten Kulturpflanzen, gezielt für den Anbau auf den Seychellen beschafft. Die Mehrzahl der tropischen Frucht- und Nutzpflanzen können auf den Seychellen gedeihen und ermöglichen einen abwechslungsreichen Speiseplan, zu ihnen gehören: Auberginen, Bananen, Avocados, Ananas, Papayas, Mangos, Passionsfrüchte, Sternfrucht, Guave, Zitronen, Orangen, Zuckerrohr, Brotfrüchte, Zitronengras und Zimt sowie viele Gewürze wie Vanille, Pfeffer und Muskat. In Plantagen angepflanzte Kokospalmen liefern mit Kopra den Hauptexportartikel des Landes. Zu den angepflanzten Banyanbäumen und tropischen Nutzhölzern auf der Insel zählen die Drachenblutbäume und Albizienbäume.
